結論から申し上げますと法人の部長は、「経営業務の管理責任者に準ずる地位にある者」に当たる可能性が高いので経営業務の管理責任者となれる可能性がございます。
建設業の経営業務の執行に関し、取締役会設置会社において、取締役会の決議を経て取締役会 又は代表取締役から具体的な権限委譲を受けた執行役員がそれに該当する場合があるのですが、法人の場合それが部長となります。
その場合の証明方法は、東京都の場合ですと、
下記のようなもので証明する必要がございます。
□ 定款・株主総会の議事録
□ 業務分掌規定
□ 取締役会規則、取締役就業規則・取締役会の議事録
□ 執行役員規程、執行役員業務分掌規程 など
ですので、部長でも建設業許可の経営業務の管理責任者になれる可能性は、書類で確認する事が出来ましたら証明する事が出来ます。